Xử lý hồ sơ hoàn thuế Gía trị gia tăng trên hệ thống TMS

Căn cứ hướng dẫn tại Điều 5, Điều 15; Điều 16 Thông tư số 99/2016/TT-BTC ngày 29/6/2016. Hướng dẫn hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

Cơ sở dữ liệu và ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Cơ sở dữ liệu hoàn thuế giá trị gia tăng là hệ thống dữ liệu thông tin về người nộp thuế thuộc đối tượng hoàn thuế giá trị gia tăng; là một cấu phần trong hệ thống cơ sở dữ liệu quản lý thuế chung của ngành thuế. Việc xây dựng, thu thập, xử lý, sử dụng, chia sẻ, lưu trữ; bảo mật thông tin của cơ sở dữ liệu hoàn thuế giá trị gia tăng được thực hiện theo quy định của pháp luật hiện hành.
2. Cơ quan thuế ứng dụng công nghệ thông tin trong việc thực hiện quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng; bao gồm: tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế; thông báo kết quả giải quyết hồ sơ hoàn thuế; trao đổi thông tin với các cơ quan liên quan trong giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng.

Đề xuất hoàn thuế

1. Cơ quan thuế căn cứ kết quả xác định số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn; số tiền thuế giá trị gia tăng không được hoàn, số tiền thuế nợ phải bù trừ; số tiền thuế giá trị gia tăng còn được hoàn trả cho người nộp thuế; thực hiện lập đề xuất hoàn thuế và dự thảo Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước). Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có).
2. Cơ quan thuế phải tổ chức kiểm tra; cập nhật trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế đối với: hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng; hồ sơ hoàn thuế, Biên bản kiểm tra hoàn thuế (nếu có); Quyết định về việc xử lý thuế qua thanh tra; kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế (nếu có); Phiếu đề xuất hoàn thuế; dự thảo Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước). Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có).

Thẩm định hồ sơ hoàn thuế

1. Cơ quan thuế tổ chức thẩm định hồ sơ hoàn thuế đối với: Phiếu đề xuất hoàn thuế, dự thảo Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước), Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có) trước khi ban hành Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước).
2. Cục Thuế thực hiện thẩm định về thủ tục hoàn thuế, hồ sơ hoàn thuế, đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, thẩm quyền ban hành quyết định hoàn thuế và nội dung khác có liên quan.
3. a) Trường hợp qua thẩm định phát hiện vấn đề chưa rõ, chưa đầy đủ, cơ quan thuế phải tổ chức trao đổi, làm rõ giữa các bộ phận liên quan đến giải quyết hồ sơ hoàn thuế để thống nhất các nội dung liên quan đến thẩm định hoàn thuế trong thời hạn thẩm định hồ sơ hoàn thuế; hoặc từ chối thẩm định hồ sơ hoàn thuế đối với hồ sơ chưa đầy đủ, chưa cập nhật vào Hệ thống ứng dụng quản lý thuế theo quy định tại Điều 15 Thông tư này.
4. b) Trường hợp kết quả thẩm định xác định thủ tục hoàn thuế, hồ sơ hoàn thuế, đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, thẩm quyền ban hành quyết định hoàn thuế phù hợp với quy định, cơ quan thuế thực hiện cập nhật kết quả thẩm định hoàn thuế giá trị gia tăng vào Hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

Căn cứ hướng dẫn tại Điều 1 Thông tư số 31/2017/TT-BTC sửa đổi; bổ sung một số điều của Thông tư số 99/2016/TT-BTC của Bộ Tài Chính. Hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

Căn cứ vào các hướng dẫn nêu trên, Tổng cục Thuế hướng dẫn như sau:

Về việc phân quyền chức năng Phê duyệt thẩm định/Hủy phê duyệt thẩm định”; “Phê duyệt Quyết định hoàn/Hủy phê duyệt quyết định hoàn”:

Quy trình hoàn thuế ban hành kèm theo Quyết định số 905/QĐ-TCT ngày 01/7/2011 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế và công văn số 3228/TCT-KK ngày 12/8/2014 của Tổng cục Thuế về việc sửa đổi, bổ sung một số điểm tại Quy trình hoàn thuế 905 đã quy định rõ nhiệm vụ và trách nhiệm của từng bộ phận trong cơ quan Thuế. Lãnh đạo, cán bộ được phân quyền sử dụng các chức năng “Phê duyệt thẩm định/Hủy phê duyệt thẩm định”, “Phê duyệt Quyết định hoàn/Hủy phê duyệt quyết định hoàn” để kiểm soát hồ sơ hoàn thuế chặt chẽ, đầy đủ, chính xác theo đúng chức năng, nhiệm vụ được giao.

Xử lý đối với trường hợp một hồ sơ đề nghị hoàn có nhiều Quyết định hoàn:

Trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế; cơ quan Thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn một phần và một phần chưa đủ điều kiện hoàn cần thanh tra; kiểm tra hoặc chờ kết quả xác minh làm rõ thì:

– Cơ quan Thuế thực hiện giải quyết hoàn ngay đối với số thuế đã đủ điều kiện hoàn và cập nhật đầy đủ vào ứng dụng TMS theo quy định; số thuế chưa đủ điều kiện hoàn cần thanh tra, kiểm tra hoặc chờ kết quả xác minh; hướng dẫn về chính sách sẽ được lưu tại Cột “Số hoàn cần xem xét” tại chức năng 6.2 – Nhập hồ sơ đề nghị/ đề xuất hoàn thuế trên ứng dụng TMS.

– Đối với số thuế còn lại, sau khi có kết quả thanh tra, kiểm tra hoặc kết quả xác minh nếu đủ điều kiện hoàn thì cơ quan Thuế không yêu cầu người nộp thuế gửi lại hồ sơ đề nghị hoàn mà tự tạo hồ sơ đề nghị hoàn, cập nhật thông tin số hồ sơ gốc của người nộp thuế trên phân hệ QHS, hệ thống hỗ trợ hiển thị thông tin đề nghị hoàn của hồ sơ gốc với số tiền đề nghị hoàn là số tiền đã lưu tại Cột “Số hoàn cần xem xét”. Cơ quan thuế tiếp tục thực hiện xử lý hoàn thuế vào ứng dụng TMS theo quy định.

Trường hợp một Quyết định hoàn thuế nhưng chi hoàn cho người nộp thuế theo nhiều Lệnh hoàn thuế:

Cục Thuế thực hiện lập và cập nhật vào hệ thống TMS từng Lệnh hoàn để theo dõi việc chi hoàn thuế cho người nộp thuế theo quy định; số tiền còn lại chưa chi sẽ được thể hiện tại cột “Số tiền thực hoàn còn lại” tại tab “Thông tin lệnh hoàn” của chức năng 6.2 – Nhập hồ sơ đề nghị/ để xuất hoàn thuế trên ứng dụng TMS. Tổng số tiền trên các Lệnh hoàn phải đảm bảo không lớn hơn số tiền trên Quyết định hoàn.

Trong quá trình thực hiện có vướng mắc; Cục Thuế liên hệ Tổng cục Thuế (Vụ Kê khai và Kế toán thuế; Cục Công nghệ thông tin) để được hỗ trợ, giải quyết.

Chúc các bạn thành công!

Tìm hiểu thêm về kế toán, kiểm toán, thuế tại calico.vn hoặc kiemtoancalico.com